ФК «Уфа» основан 18 февраля 2009 года. С того дня и по настоящее время генеральным директором команды является Шамиль Газизов. С сезона 2014/2015 клуб выступает в Российской премьер-лиге. Полуфиналист Кубка России сезона 2016/2017. В сезоне 2018/2019 стал участником Лиги Европы УЕФА, пройдя два квалификационных раунда и остановившись в шаге от группового этапа еврокубковой зоны.